A vonatkozó uniós szabályozás értelmében a támogatott projektekhez kapcsolódó, visszaigényelhető hozzáadottérték-adó (áfa) nem támogatható az EU kohéziós alapjából. Az Európai Bizottság erre hivatkozva nem járult hozzá, hogy az M43 autópálya Szeged és Makó közötti szakaszának kiépítésére, valamint a Budapest-Kelenföld - Székesfehérvár - Boba vasútvonal átépítésére vonatkozó, 2008 végén benyújtott magyar kérelem keretében az áfát támogatható költségként vegyék figyelembe. Magyarország ezt a brüsszeli döntést támadta meg 2010-ben az uniós bíróság előtt.

A szerdai luxemburgi tárgyalásra készített jelentésből kiderül, hogy a magyar érvelés szerint egy 2006-os uniós rendelet révén a vissza nem igényelhető áfa az EU kohéziós alapjából származó támogatásra jogosít, így a bizottság nem zárhatta volna ki a támogatásból a kiadásokat. A magyar fél azt is kifogásolta, hogy miközben elvben a tagállamok állapíthatják meg a költségek elszámolhatóságára vonatkozó szabályokat, a megtámadott határozatban az Európai Bizottság elvonja ezt a hatáskört a tagországoktól.

A bizottság ugyanakkor úgy véli, hogy az ügyben nem vont meg hatáskört a tagországoktól, továbbá az említett uniós rendelet nem vonatkoztatható a költségek visszaszerezhetőségének értelmezésére.

Az uniós végrehajtó szerv ezért a magyar kereset elutasítására kérte a bíróságot. A Világgazdaság című napilap szerdai cikke szerint a vita tétje mintegy 200 milliárd forint EU-támogatás elszámolása. A luxemburgi székhelyű bírói testület később hirdet ítéletet az ügyben.