A Magyar Közlönyben megjelent rendeletben a kormány létrehozza a  Modern városok program bizottságot, amelynek elnöke a Miniszterelnökséget vezető miniszter, tagja pedig a nemzetgazdasági miniszter, valamint a projekt megvalósulásáért - mint szakpolitikus - felelős miniszter. Amennyiben az első két miniszter valamelyike egyúttal szakpolitikus is az adott ügyben, akkor a bizottság harmadik tagja a szakterület államtitkára lesz.

A szakpolitikus - mint főfelelős - készíti az előterjesztéseket, majd a bizottság többségi szavazással dönt. Amennyiben elfogy a modern városokra a pénz, akkor abban az évben nincs több döntés. Idén erre a célra 50 milliárd forint szerepel a költségvetés Miniszterelnökség fejezetében.

Az adott város önkormányzatának kell kérnie a bizottság támogatási döntését. A főfelelős pedig köteles megvizsgálni azt, hogy a projekt uniós forrásból támogatható-e. A folyamat vége a támogatói okirat kiállítása, majd a szerződés megkötése. Az utóbbi időponttól számítva 30 napon belül egy összegben megkapja a támogatást az adott önkormányzat.